PCR反応産物の精製法として、ゲノムセンターや数々のリシーケンスプロジェクトで採用されてきたDNA精製試薬キットAMPure®。AMPure XPは、そのAMPureのDNA回収の性能向上と工程時間の短縮を実現した、"X"tra "P"erformanceなDNA精製試薬キットです。さらに、試薬有効期限はAMPureの2倍となり、使い勝手も増しました。AMPure XPは96ウェルフォーマットおよび384ウェルフォーマットに対応し、マニュアル法のみならず、Biomekによる自動化に最適な試薬です。また、AMPure XPはサンプル数に応じて精製を行うため、プレートのすべてのウェルを使用しなくても精製できます。このため、プレートの部分的な使用も可能で、サンプルがそろうまで精製を待つこともなく、サンプル数に応じた試薬量のみを消費するために経済的です。
- フリーのdNTPやPCRプライマー、プライマーダイマー、塩を効率的に除去
- 100塩基以上のDNA断片を高回収
- 二本鎖および一本鎖どちらのDNA断片にも対応
- 精製したDNAの安定性が高い
- マニュアル法に加え、遠心やろ過が必要ないため、Biomekによる自動化にも最適
- 精製後のDNAは、シーケンスやジェノタイピング、クローニングなどに使用可能
- 試薬有効期間は製造後18ヶ月：現行キットAMPureの2倍
高純度
精度の高いDNAシーケンシングやSNPジェノタイピングを行うためには、シグナル：ノイズ比を低くする要因となる、残存するdNTPや塩、プライマーやプライマーダイマーなどの夾雑物をPCR反応産物から効率良く取り除く必要があります。また、残留塩は酵素反応の阻害要因ともなります。当社比較（Figure 1.）の通り、AMPure XPで得られるDNAは他社キットに比べて高純度です。
Figure 1A. 電気泳動により、AMPure XPを用いて精製したPCR反応産物からはプライマーダイマーが効率的に除去されたことを確認した。レーン1および2：AMPure XP、3および4：Q社カラム法、5および6：E社カラム法、7および8：G社酵素法、M:サイズマーカー。
Figure 1B. 260nmおよび低分子化合物に吸収のある230nmにて、精製したPCR反応産物のOD値を比較したところ、AMPure XPを用いて精製したPCR反応産物の精製度が高いことを確認した。また、AMPure XPによる精製は、再現性が高いことが分かる。
精製後のDNAの安定性
AMPure XPは効率的に夾雑物を取り除くため、精製したDNAは安定的です（Figure 2）。精製後７日目におこなった電気泳動の結果、AMPure XPで精製したPCR反応産物は安定であることを確認しました。
Figure 2. 精製したPCR反応産物を（A）精製後すぐに、または（B）4℃で7日間保存した後に電気泳動した。レーン5から8では、7日後にDNAの分解が見られる。レーン１および２：AMPure XP、3および4：Q社カラム法、5および6：E社カラム法、7および8：G社酵素法
高回収
AMPure XPは100ベース以上のDNA断片を高回収します。また、他の精製法に比べて短いサイズから長いサイズの断片まで高回収できるとともに、高い再現性も有します（Figure 3A.）。さらに、一本鎖のDNA断片にも二本鎖のDNA断片にも対応します（Figure 3B）。
Figure 3A. 200、800、10000ベースのPCR反応産物をAMPure XPを含む複数の方法で精製後、回収したDNA濃度を吸光度の測定により算出した。
Figure 3B . 200、800、10000ベースの二本鎖DNAおよび一本鎖DNAをAMPure XPで精製後、回収したDNA濃度を吸光度の測定により算出した。
処理時間
AMPure XPには、これまで以上に磁力に対するレスポンスを高めたSPRI磁性ビーズを使用しました。このため、AMPureに比べて操作時間の短縮が可能となりました（Table 1.）。AMPure XPは他法に比較して処理速度が速いため、短時間のうちにDNA精製を行うことが可能です（Figure 4.）。
| 改善された工程 | AMPure | AMPure XP |
|---|---|---|
| DNAと磁性ビーズの結合後の静置 | 5分 | 2分 |
| 風乾 | 10分 | 0分 |
| 溶出前の磁気プレート上での静置 | 5分 | 1分 |
| 合計 | 20分 | 3分 |
Table 1. 96ウェルプレートを用いた精製処理工程のうち、処理速度が改善された各工程の処理時間について当社既存製品AMPureと比較したもの。
Figure 4. 96サンプルのPCR反応産物を精製した場合の所要時間を比較した。
試薬有効期限の延長
これまでご利用いただいたAMPureの使用期限は製造後6ヶ月でしたが、AMPure XPは12ヶ月となり、より長期にわたるご使用が可能となりました。
Biomekによる自動化処理
AMPure XPは独自のSPRI磁性ビーズにより、DNAの精製を行います。SPRI磁性ビーズはBiomekによる自動化を目的として開発されたビーズであるため、AMPure XPは、Biomekによる自動化に最適な試薬で、96ウェルフォーマットおよび384ウェルフォーマットに対応します。
マニュアル法によるDNA精製
AMPure XPによるDNA精製操作はシンプルで、処理時間も短いことから、マニュアル法にも対応します。特に、将来サンプル数を増やす予定のある方や、自動化を予定されている方にお奨めです。
パーシャルプレートでの処理
AMPure XPはサンプル数に応じ、プレートのウェル毎に試薬を添加して精製を行うため、プレートウェルすべてを使用しなくても精製できます。このため、プレートの部分的な使用も可能で、96もしくは384サンプルがそろうまで精製を待つこともなく、サンプル数に応じた試薬量のみを消費するために経済的です。
実験ステップ
1および2．PCR反応液にAMPure XPを加え、SPRI磁性ビーズにPCR反応産物を結合させる。
3．SPRI磁性ビーズをマグネットプレート（別売）の磁力で分離し、夾雑物を除く。
4．エタノールで洗浄する。
5および6．SPRI磁性ビーズに結合した核酸を溶出する。
Agencourt AMPure XP オーダーインフォメーション
| 製品名 | 製品番号 | 容量 | 内容構成 | 価格（税別） |
|---|---|---|---|---|
| Agencourt AMPure XP 5 mL Kit |
A63880 | 20μL反応系－139サンプル分 10μL反応系－278サンプル分 |
AMPure XP試薬 5 mL x 1 |
\24,000 |
| Agencourt AMPure XP 60 mL Kit |
A63881 | 20μL反応系－1,666サンプル分 10μL反応系－3,333サンプル分 |
AMPure XP 試薬 60 mL x 1 |
\98,000 |
| Agencourt AMPure XP 450 mL Kit |
A63882 | 20μL反応系－12,500サンプル分 10μL反応系－25,000サンプル分 |
AMPure XP 試薬 450 mL x 1 |
\498,000 |
| 関連アクセサリ 初回使用時に購入が必要です | ||||
| 製品名 | 製品番号 | 価格（税別） | ||
| SPRI Stand Magnetic 6-tube Stand (2mLチューブ用) | A29182 | \27,000 | ||
| SPRI Plate 96R Ring Super Magnet Plate (96ウエルプレート用) | A32782 | \86,000 | ||
| SPRI Plate 384 Magnet Plate (384ウエルプレート用) | A29164 | \115,000 | ||
