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遺伝子解析システムCEQ 8800/8000 / GeXP よくあるご質問遺伝子解析システムCEQ 8800/8000 / GeXP よくあるご質問


装置本体

Question Answer

GeXP/CEQの電源容量

100V / 5A

GeXP/CEQの励起波長

650nm,750nm 光(他の波長)の干渉を受けにくく、バックグランドがほとんどない安定したベースラインが得られます。

新しいキャピラリーを本体に装着したが本体がキャピラリーを認識しない。

キャピラリーウィンドウの保護カバーが外れているか確認してください。

パラボリックエラーが出て本体を使用できない。

キャピラリーの右側(アウトレット)の装着が不完全である可能性があります。キャピラリーを装着しなおしてください。

ゲルカートリッジが抜けない。

ゲルカートリッジを入れる金属性のシリンダーの先端に穴があいているので、穴から水または、ぬるま湯をシリンジ等を使用して注ぎ、固まったゲルを溶解させ、ゲルカートリッジを抜いてください。


試薬・消耗品

Question Answer

キャピラリーアレイの寿命。

100回の泳動または常温保存(本体に装着した状態)で30日の保証です。

キャピラリーアレイの外径、内径、長さ。

外径200μm、内径75μm、長さ33cm。

ゲルの保証寿命。

室温(本体に取り付けた状態)で連続72時間の性能保証です。

CEQ8000に20mLのゲルカートリッジが使用できるか。

使用できません。20mLのゲルカートリッジはCEQ8800あるはGeXPデュアルレイルにのみ使用できます。

ゲルの組成は。

リニアポリアクリルアミド(LPA)。 毒性はありません。

ゲル、キャピラリーは何℃で保存すれば良いか。

冷蔵保存(2〜8℃)。

冷蔵試薬(ゲル、キャピラリー、セパレーションバッファ)を冷凍保存してしまった場合使用できるか。

使用できません。

DTCSクイックスタートキット1箱で何サンプル反応できるか。

96サンプルの反応が可能です。

GeXP/CEQで使用するキットで毒劇物があるか。

該当する試薬はありません。(2011年改訂)

SLSの代わりに、脱イオン化したホルムアミドが代用できるか。

代用(使用)できません。

サイズスタンダード400,600の容量は? 何回泳動できるか。

55μL。1回の泳動に0.5μL必要で、約100回程度の泳動ができます。

フラグメント解析に使用する蛍光プライマーはどこで入手できるか。

シグマアルドリッチジャパン株式会社 ライフサイエンス事業部から入手できます。

FAM,HEXで標識した蛍光プライマーはGeXP/CEQで使用できるか。

GeXP/CEQのレーザではFAM,HEXは励起できず検出できないので使用できません。

プレートには平底とV底の2種類あるがセパレーションバッファはどちらに入れるのか。

透明な平底プレートの方にセパレーションバッファをウェルの70〜80%程度入れてください。


ソフトウェア

Question Answer

データを自分のPCで解析したいが、ソフトウェアをインストールできるか。

CEQ/GeXPのソフトウェアはライセンスフリーです。ご使用のPCが英語のOS,Windows-XP プロフェッショナルであればインストールできますが、日本語のOS,Windows-XP環境での動作の保証はしておりません。

ゲルの保証寿命前であるが、Gel Life Exeededが点滅する。

ゲルの寿命は室温で連続72時間です。冷蔵庫から出して本体に取り付けるときに、Set Newのボタンをクリックして0時間に戻すか、72hr以下の値を入力してください。72hrを超えるとRunモジュールのGel Cartridge life exceededが点滅します。

現在のワーキングデータベースで、以前のデータベースのデータを再解析したいがどのようにすれば良いか。

ワーキングデータベースを以前のデータベースに設定しなおし、データをエクスポートし、新しいデータベースにエクスポートしたデータをインポートして再解析してください。

シークエンス反応物の精製はエタ沈のみか。

市販のカラム、ビーズ等でも精製できます。その際、使用するシークエンス反応精製キットのプロトコールに従ってください。

ゲル濾過カラム(G50)を用いてシークエンス反応物を精製できるか。

精製できます。精製後ドライアップをして、40μLのSLSに溶解してください。


シークエンス

Question Answer

サンプルが8本未満の場合、サンプルプレート、バッファプレートのサンプルのないウェルはどのようにすれば良いか?

サンプルプレートにはSLS 40μLを入れてください。バッファプレートにはサンプルがないウェルにも必ずセパレーションバッファを入れてください。

シークエンス反応物はSLSに溶解させた状態で保存できますか?

遮光をして4℃で2〜3日、-20℃で1ヶ月程度保存可能です。

他社のシークエンスキットをGeXP/CEQで使用できるか?

本体の励起波長、蛍光検出波長が異なるので使用できません。

シークエンスアナリシス画面で解析データが表示されない。

画面左横のアナライズデータのタブをクリックしてください。表示されない場合はメニューバーのAnalysis/Analyzeをクリックし解析を行ってください。set upモジュールでオートアナリシスの設定をすると泳動後自動解析を行いデータが保存されます。

Raw Dataでピーク(未反応の蛍光Dyeのピーク)の出始める時間が遅く、シークエンスが長く読めない。

電流値が乱れていることが原因で、複数の原因が考えられます。
・シークエンス反応物の量が多すぎる。泳動メソッドのinjection timeの時間を短くして再度泳動を行ってください。
・キャピラリーに充填されたゲルに気泡がはいっている。ダイレクトコントロールよりマニホールドパージを3回、ゲルフィルを2回行い再度泳動を行ってください。
・サンプル中に塩や不純物が混在している。
サンプルをエタ沈し、再度シークエンス反応を行ってください。

PCR産物のシークエンスにおいて、シグナルが出ているが、解析できない。あるいはNが続く。

テンプレートに使用しているPCR産物が単一でない可能性があります。Raw Dataにおいて最後に検出されるピーク、+A(赤色ピーク)のピークを確認してください。PCR産物が単一でない場合は+Aのピークが複数存在します。またRaw Dataを拡大して1つのピーク中に2色以上(青と緑、赤と黒の組み合わせ以外)のピークが混在していないかどうか確認してください。混在する場合、複数のテンプレートが混在します。複数のテンプレートが混在する場合にはPCRの条件を検討してください。

テンプレートのサイズが300ベースと小さいので泳動時間を変更したいが変更の方法は。

set upモジュールで泳動メソッドを編集します。Editボタンをクリックし、separateの時間を変更し、泳動メソッドを別名で保存してください。

アニーリング温度は何度まで上げて良いのか。

60℃まで上げることができます。GCリッチのサンプルではアニーリング温度を60℃にし2ステップでシークエンス反応を行うことも可能です。

シークエンス解析でヘテロを簡単にサーチする方法を知りたい。現在、目視でチャートを確認している。

シークエンスアナリシスパラメータでヘテロザイゴートディテクションに?を入れ、再解析を行うと、ヘテロ変異サイトはIUBコードで報告(赤字)されます。その部分をハイライトすると対応するピークがチャート上で表示されるので、そのピークがヘテロピークであることを確認してください。

GeXP/CEQのソフトでシークエンス結果をアッセンブルすることができるか。

出来ません。別途市販ソフトウェアが必要です。

シークエンスデータをフリーソフトで読むことができるか。

データをscfファイルに変換してエクスポートしてください。エクスポートされたscfファイルはほとんどのフリーソフトで読むことができます。


フラグメント解析

Question Answer

他社の蛍光プライマーはGeXP/CEQで使用できるか。

励起波長、蛍光検出波長が異なるため使用できません。

フラグメント解析において泳動条件をFrag-3に設定しているが、サイズスタンダード400の420ベースが検出されない。

泳動前にダイレクトコントロールでマニホールドパージを3回、ゲルフィルを2回行い、キャピラリーを予め50℃にして再泳動を行ってください。改善しない場合は泳動時間を延ばしてください。

サイズスタンダード600を使用する時、どのメソッドを用いて泳動すればよいか。

Frag-4で泳動してください。

フラグメント解析において、小さなピークのサイズコールを中止したいが可能か。

可能です。Analysis Parameter のRelative peak height threshold, peak slope threshold の数値を変更して (数値を大きくして)別名で保存し、再解析してください。

サイズスタンダードのピーク形状が悪く、再現性がない。

キャピラリーに空気が混入している可能性があるので、ダイレクトコントロールでマニホールドパージを3回、ゲルフィルを2回行い、キャピラリーを予め50℃にしてからサンプルプレートをスタート(Run)してください。

GeXP/CEQでMLPA(フラグメント解析)が可能か。またMLPAのキットは入手できるか。

可能です。MLPAのGeXP/CEQ用のキットは株式会社ファルコバイオシステムズより入手可能です。

GeXP/CEQでMLVA(フラグメント解析)ができるか。フラグメントリストはExcelにエクスポート出来るか。

MLVA解析は可能です。フラグメントリストをCSVファイルでエクスポートするとExcelで読み込むことができます。

フラグメント解析で泳動結果のチャートをWord、Power Pointに貼り付けることができるか。

チャート上でマウスの右ボタンをクリックし、サブメニューのCopyを選択して、Word、Power Point上でPasteしてください。

フラグメントサイズと面積を一覧表にできるか。

フラグメントリスト表示させFile /Export Fragments/
Genotypes を選択しCSVファイルをエクスポートしてください。

AFLP解析結果のドミナントスコアをExcelのスプレッドシートにしたい。

File/Export AFLPを選択し保存してください。



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