CleanSEQは、ダイターミネータサイクルシーケンス反応後のダイを除去するシーケンス反応クリンアップ用の試薬キットです。均一で微小なSPRI磁性ビーズの採用により、安定した結果が得られるため、高品質なデータを持続的に要求するゲノムセンターにも採用され続けています。また、マニュアル法だけでなく、Biomekを用いた自動化によるハイスループット処理に最適で、実際に、公的ヒトゲノムプロジェクトの実に3分の1のデータは、このSPRI技術により調製されたサンプルによるものです。
- 遠心やろ過の必要は一切無く、自動化に最適
- Biomek FX/NXの使用で、4プレートをわずか20分余りで処理
- 磁性ビーズで効率的に未反応のダイを除去
- 高いシーケンス成功率
- 長いシーケンスリード
- 強いシーケンス蛍光シグナル
- 96および384ウエルフォーマットに対応
- ABI PRISM.® 3730、3700、3130、3100シリーズおよび
弊社GenomeLab GeXP、CEQ8000シリーズに対応.* - BigDye®Terminatorおよび弊社DTCSクイックスタートキットによる
反応後の精製に使用できます*
*プロトコールは下段アプリケーション他ダウンロードボタンからご確認いただけます。
長いシーケンスリードと再現性
CleanSEQとシリカ磁性ビーズ法、ゲルろ過、およびエタノール沈殿により、ダイターミネータサイクルシーケンス後の精製を行い、同一条件下で行ったシーケンスの結果を比較しました（Figure 1.および2.）。その結果、CleanSEQの、1) より長いシーケンスリードと、2) より高い再現性、を確認しました（PhredはDNAシーケンスのベースコールソフトウエアで、シーケンス結果の精度を評価します。P20もしくはPhred20は、99.0 %の確立となる精度を示します）。
Figure 1. 各種方法で精製後のDNAシーケンスの結果を比較した。
Figure 2. CleanSEQと他の精製法で、96サンプルのうちPhred20（99.0 %の精度）で700ベース以上解析できたサンプル数。
ダイブロッブの抑制
DNAシーケンスプロファイルの始めに見られるダイターミネータ・ダイブロッブ（Figure 3A. の30ベース以前に見られる複数の大きなピーク）は、シーケンスのベースコーリングに悪影響を与えます。CleanSEQは高い精製能によってダイブロッブを抑えるため、プライマー直後から配列が読みやすくなります（Figure 3B.）。
Figure 3A. ゲルろ過プレートによる精製。ダイブロッブがベースコールに悪影響を与える。
Figure 3B. CleanSEQによる精製。プライマー直後から配列が読みやすい。
ダイターミネータの希釈
CleanSEQは高い精製度により高品質のシーケンス結果が得られるだけでなく、高い回収率により得られるシグナル強度がより高く、より高いS/N比を保持するため、低濃度のダイターミネータでも長いシーケンスリードと、高い成功率を保持します（Figure 4.およびTable 1.）。このため、ダイターミネータの希釈使用が可能で、シーケンシングのトータルコストの削減にも寄与します。
Figure 4. ダイターミネータを1/8、1/16倍に希釈後、CleanSEQおよびゲルろ過法で精製し、DNAシーケンスを行った結果。A、G、C、Tそれぞれの蛍光強度を示した。
| CleanSEQ | ゲルろ過 | |
|---|---|---|
| Phred20 でのシーケンス長 | 651 | 586 |
| 成功率 | 97% | 87% |
Table 1. ダイターミネータ1/16倍希釈時の、CleanSEQとゲルろ過法による精製後の、DNAシーケンス結果の比較。
導入事例
株式会社プロップジーン様
情報・システム研究機構／新領域融合研究センター（国立遺伝学研究所）様
実験ステップ
1および2．ダイターミネータサイクルシーケンス反応液にエタノールとCleanSEQを加え、SPRI磁性ビーズに反応産物を結合させる。
3．SPRI磁性ビーズを磁気で分離し、夾雑物を除く。
4．エタノールおよびイソプロパノールにより十分洗浄する。
5および6．SPRI磁性ビーズに結合した核酸を溶出する。
Agencourt CleanSEQ オーダーインフォメーション
| 製品名 | 製品番号 | 容量 | 内容構成 | 価格（税別） |
|---|---|---|---|---|
| Agencourt CleanSEQ 8mL Kit | A29151 | 96ウエル用－800サンプル分 384ウエル用－1,600サンプル分 |
CleanSEQ 試薬 8 mL x 1 |
\68,000 |
| Agencourt CleanSEQ 50 mL Kit | A29154 | 96ウエル用－5,000サンプル分 384ウエル用－10,000サンプル分 |
CleanSEQ 試薬 50 mL x 1 |
\340,000 |
| 関連アクセサリ 初回使用時に購入が必要です | ||||
| 製品名 | 製品番号 | 価格（税別） | ||
| SPRI Stand Magnetic 6-tube Stand (2mLチューブ用) | A29182 | \27,000 | ||
| SPRI Plate 96R Ring Super Magnet Plate (96ウエルプレート用) | A32782 | \86,000 | ||
| SPRI Plate 384 Magnet Plate (384ウエルプレート用) | A29164 | \115,000 | ||
*96R Ring Magnet Plateをお持ちの方は、従来通り96R Ring Magnet Plateをご使用いただけます。
ABI PRISM®およびBigDye®は、Applera Corporationの登録商標です。
ABI PRISM®3730、3700、3130、3100はApplied Biosystems社の製品です。
