シークエンス解析/ベックマン・コールター

シークエンス解析

遺伝子解析研究で最も基本的なシークエンス解析。GeXPは、教科書に載っているサンガー法を応用したケミストリーで遺伝子配列を決定します。また、蛍光波長域にバックグラウンドがないので、テンプレートの状態を把握でき、次の研究ステップへのスクリーニング過程としても活用できます。

シークエンス反応の原理

2本鎖のPCR産物やプラスミドDNAを熱で変性させ1本鎖にします。これがシークエンスのテンプレートになります

シークエンス反応にはテンプレートのほかDNA進展させるための酵素、DNAの伸展を開始するために必要なプライマー、 DNAを進展させるための構成要素ｄNTPと反応を止めてしまう蛍光標識のついたｄｄNTPが入っています。

プライマーが特異的は配列にアニーリングし、その3‘末端からDNAの進展が開始されます。テンプレートと相補的に選択されたｄNTPが結合し、ランダムにｄｄNTPも進展反応に取り込まれ反応が停止します。

サイクルシークエンス反応は30回繰り返され、そのたび様々な長さのシークエンス反応産物が合成されます。

それぞれのシークエンス反応産物はサイズが異なり、その産物の一番最後には蛍光標識されたｄｄNTPが取り込まれています。

シークエンス産物はキャピラリーアレイの中のゲルを通って分離されます。サイズが小さいほど早く流れます。シークエンス産物はレーザーによって蛍光を発してAGTCそれぞれが検出されます。

ベックマン・コールターで採用しているDTCS（Dye Terminater Cycle Sequencing）試薬では、他のシステムで読めなかった配列でもシークエンス結果を得ることができました。また、難読とされる繰り返し塩基配列も、きれいにシークエンスを読むことができます。

Tリピートが入った塩基配列

繰り返し塩基配列

クオリティベースのトリミングでは精度の低い配列情報を、シークエンスベースのトリミングではベクター配列をトリムアウトし、高精度な結果を抽出します。

解析パラメーター

シークエンス反応に必要なすべての試薬が入ったマスターミックスを使って、簡単にシークエンス解析できます。

シークエンスベースのトリミング結果

ベクター部分の配列は、アンダーラインで表示されます。

シークエンス反応に必要な全ての試薬が入ったマスターミックスを使って、簡単にシークエンス解析ができます。

100分間で700bpの解析、98%精度
目的配列を簡単検索
波形データを見ながら簡単編集
各種フォーマットへのデータエクスポート

※ アプリケーションノートをご覧ください。

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