Genfind™ v2は全血や血清からゲノムDNAを抽出・精製する試薬キットです。 キットに含まれる SPRI磁性ビーズは均一で微小なため、既存のカラム法に比べて核酸との結合表面が洗浄バッファーに露出する確立が高く、高純度の全核酸を精製することができます。さらに、SPRI磁性ビーズの形状と大きさが均一であるために、再現性の高い結果を産生します。また、SPRI磁性ビーズは核酸との結合面積が大きいために高収量の核酸を得ることができます
う、FTAカードからのゲノムDNA精製。
＊培養真核細胞、バクテリア、組織切片からのDNA精製のプロコトールもあります。お問合せください。
- 高収量：200μLの全血から～6μgのゲノムDNAを精製
- 50～400もしくは200μL容の全血に対応1
- 高い再現性で高純度なゲノムDNAを精製
- 真空ろ過や遠心の必要がなく、全血処理はBiomekによる自動化専用に開発された試薬
- 最短約2.5時間の実験操作
1. 96ウェルプレートプロトコールでの最大処理容は200μL、チューブプロトコールでの最大処理容は400μLとなります。
高収量・高再現性
Figure 1.にフィルターろ過法およびビーズ法による他社製品との比較を示しました。様々な抗凝血剤存在下でもGenfind v2を用いて高収量のゲノムDNA精製を得ることができます。また、Genfind v2は他社製品に比べ、異なる条件下でもより安定的にゲノムDNAを抽出精製するため、抽出の失敗で必要となる再操作による貴重なサンプルのロスを抑えることができます。
Figure 1. Genfind v2を用い、200μLの凍結ヒト全血からマニュアル法でゲノムDNAを精製し、200μLの溶出液を得た。抗抗凝血剤別に、同じ患者の血液を用いてそれぞれ8つのレプリケート実験を行い、260nmの吸光度からDNA量を算定した。
高純度でインタクトなDNAの抽出精製
定量PCRによる確認
Genfind v2により抽出精製したゲノムDNAと、他社製試薬キットを用いて抽出したゲノムDNAを定量PCR法に供した（Table 1.）。Ct値の結果から、Genfind v2により得られたゲノムDNA は高い再現性で、効率的にPCR反応により増幅されることを確認した。
| サンプル | Mean Ct値 |
|---|---|
| Agencourt Genfind v2 で抽出精製したDNA 10 ng | 21.50 ± 0.37 |
| B社製キットで抽出したDNA 10 ng | 21.40 ± 0.15 |
| C社製キットで抽出したDNA 10 ng | 20.18 ± 0.20 |
| D社製キットで抽出したDNA 10 ng | 21.35 ± 1.03 |
| Agencourt Genfind v2 で抽出精製したDNA 1 ng | 24.19 ± 0.17 |
| B社製キットで抽出したDNA 1 ng | 24.23 ± 0.48 |
| C社製キットで抽出したDNA 1 ng | 22.96 ± 0.31 |
| D社製キットで抽出したDNA 1 ng | 24.35 ± 0.77 |
Table 1. ゲノムDNAのCt値の比較
EDTAを抗凝血剤として含む全血からGenfind v2を用いてマニュアル法で抽出精製したゲノムDNAと、他社製試薬キットを用いて抽出したゲノムDNAについて、PCR反応での増幅効率を確認するために定量PCR法によりCt値を比較した。
アガロースゲル電気泳動による確認
Genfind v2 はインタクトな状態でゲノムDNAを抽出精製します（Figure 2.）。
Figure 2. Genfind v2により200 μL のヒト全血から抽出精製したゲノムDNAを、200 μLの純水で溶出したうち、1 μL を0.8%アガロース電気泳動に供した。
M=1 kb ラダーマーカー
レーン1および2=クエン酸血
レーン3および4=EDTA血
レーン5および6=ヘパリン血
分光光度計による確認
抽出したゲノムDNAの夾雑物は、その後の解析実験に阻害的に働くことが知られています。酵素反応に影響を与えるとともに、分光光度計による260および280nmでの吸光度比で算定するDNAを見かけ上高濃度にする塩の混在は、260および230nmでの吸光度の比を取ることにより推定できます。Genfind v2 systemは旧来の自社製品に比べて酵素反応に影響を与える残留塩濃度が低く、またA260に対するA230の値が低いため、260 および280nm での吸光度の比に基づく濃度推定がより正確です（Table 2.）。このため、Genfind v2で抽出精製されたDNAを用いることで、より確信を持って下流の解析実験を行うことができます。
Table 2. Genfind v2を用い、それぞれ異なる抗凝血剤（クエン酸、EDTAおよびヘパリン）を含む凍結ヒト全血からDNAをマニュアル法で抽出精製し、それぞれ8つのレプリケートについて260/230 および 260/280 の吸光度比を算出した。
断片化された核酸の回収
Genfind v2のプロトコールはマニュアル法にも対応しますが、反復操作に伴う人的コストとハンドリングエラーを低減させるためには自動化が最適です。SPRI磁性ビーズの採用により真空ろ過や遠心の必要がないGenfind v2は、Biomekによる抽出精製の自動化に最適です。
実験ステップ
- Lysis BufferおよびプロテナーゼKにより全血もしくは血清を溶解
- 核酸をSPRI磁性ビーズに結合させる
- SPRI磁性ビーズを磁気で分離
- Wash Buffer 1 でSPRI磁性ビーズを洗浄し、夾雑物を除く
- Wash Buffer 2 でSPRI磁性ビーズを洗浄し、夾雑物を除く
- SPRI磁性ビーズから核酸を溶出する
- 溶出液を新しいチューブもしくは96ウェルプレートに分取する（詳細のプロトコールはこちらから）
Agencourt Genfind v2 オーダーインフォメーション
| 製品名 | 製品番号 | 容量 | 内容構成 | 価格 (税別) |
|---|---|---|---|---|
| Agencourt Genfind v2 Kit | A41499 | 50サンプル分 | Lysis Buffer Wash I Buffer Wash II Buffer Binding Buffer Proteinase K Proteinase K Buffer |
\30,000 |
| Agencourt Genfind v2 Kit -4×96 Well Preps | A41497 | 384サンプル分 (96 x 4) |
Lysis Buffer Wash I Buffer Wash II Buffer Binding Buffer Proteinase K Proteinase K Buffer |
\115,000 |
| 関連アクセサリ 初回使用時に購入が必要です | ||||
| 製品名 | 製品番号 | 価格 (税別) | ||
| SPRI Stand Magnetic 6-tube Stand (2mLチューブ用) | A29182 | \27,000 | ||
| SPRI Plate 96R Ring Super Magnet Plate (96ウエルプレート用) | A32782 | \86,000 | ||
| SPRI Plate 384 Magnet Plate (384ウエルプレート用) | A29164 | \115,000 | ||
