HOME > 臨床検査分野 > 遺伝子検査用ソリューション > FormaPure™ Kits > プロトコール

Agencourt FormaPure KitプロトコールAgencourt FormaPure Kitプロトコール

キット内容物の保存条件


抽出精製プロトコール

(1)キット初回使用時のみのステップ:Proteinase Kに専用バッファー(PK Buffer)を下記用量(40mg/mL)加え、よく溶解する(高濃度の溶液のため、泡立ちに気をつけながら溶解する)。溶液はマイナス20℃で保存する。

*50サンプル用キット(FormaPure Kit - SmallもしくはFormaPure Starter Kit)の場合は、PKチューブにProteinase K Bufferを直接加える。96サンプル用キット(FormaPure Kit - Medium)あるいは384サンプル用キット(FormaPure Kit - Large)の場合は、別の容器で溶解する。

(2)キット初回使用時のみのステップ:Wash Bufferに 100%イソプロパノールを下記用量で加える。よく混和し、室温に保存する。

*ステップ(1)(2)はキット初回使用時のみのステップ。2回目以降のキット使用は下記ステップ1より始める。

  1. 1サンプルあたり20uLのBinding Buffer IIと300uLの100%イソプロパノールを混合する(用事調整:例 10サンプルの場合、200uLのBinding Buffer IIと3mLの100%イソプロパノールを混和する)。
  2. チューブもしくは96ウェルプレートに、Lysis Bufferを200uL分注する。
  3. FFPE切片(10ミクロンを1〜5切片:10mgまで)をチューブもしくは96ウェルプレートに入れ、70〜72℃で60分インキュベート。
    *このインキュベーションを過度に行うとRNAにダメージを与える場合があるので注意が必要。
  4. ステップ(1)で調整したPK溶液20uLを加え、よく混和する(ピペッティング2回以上)。
  5. 55℃で60分インキュベートする。続いて2分間、氷上で冷やす。
  6. 上記ステップ5のライゼートを、新たなチューブもしくは96ウェルプレートに移す。
  7. 150uLのBind I Bufferと、ステップ1で調整した320uLのBind II Bufferを加える。ピペッティング5回以上でよく混ぜた後、55℃で5分間インキュベートする。
  8. Magnetic 6-tube StandもしくはRing Super Magnet Plate上で5分間静地。 *溶液が透明になったことを確認した上で次のステップに進む。
  9. Magnetic 6-tube StandもしくはRing Super Magnet Plate上に、チューブもしくは96ウェルプレートを静地したまま、磁性ビーズに触れないように溶液をピペッティングで吸い取る。
    *この操作はMagnetic 6-tube Standにチューブを静置いたまま、もしくはRing Super Magnet Plate上に96ウェルプレートを静地したまま行う。寄せられた磁性ビーズが溶液内で崩れてしまった場合は、数uLの上清を残す。

    RNAのみの抽出:ステップ13に進む(DNase処理を行う場合はステップ10〜12の洗浄は必要無い)。
    DNAおよびRNAの同時抽出:下記ステップに進む。

  10. Magnetic 6-tube StandもしくはRing Super Magnet Plateから、チューブもしくは96ウェルプレートを移動させ、300uLのWash Bufferを加える。ピペッティング5回以上でよく混和後、1分間放置。
  11. 続いて Magnetic 6-tube StandもしくはRing Super Magnet Plate上で、チューブもしくは96ウェルプレートを1分間静地。
    *溶液が透明になったことを確認した上で次のステップに進む。
  12. 磁性ビーズに触れないように溶液をピペッティングで吸い取る。
    *この操作はMagnetic 6-tube Standにチューブを静置いたまま、もしくはRing Super Magnet Plate上に96ウェルプレートを静地したまま行う。寄せられた磁性ビーズが溶液内で崩れてしまった場合は、数uLの上清を残す。
  13. Magnetic 6-tube StandもしくはRing Super Magnet Plateから、チューブもしくは96ウェルプレートを移動させ、750uLの70%エタノールを加える。ピペッティング5回以上で磁性ビーズを良く混和する。
  14. Magnetic 6-tube StandもしくはRing Super Magnet Plate上に、チューブもしくは96ウェルプレートを1分間静地。
    *溶液が透明になったことを確認した上で次のステップに進む。
  15. 磁性ビーズに触れないように溶液をピペッティングで吸い取る。
    *この操作はMagnetic 6-tube Standにチューブを静置いたまま、もしくはRing Super Magnet Plate上に96ウェルプレートを静地したまま行う。寄せられた磁性ビーズが溶液内で崩れてしまった場合は、数uLの上清を残す。

    RNAのみの抽出:下記ステップに進む。
    DNAおよびRNAの同時抽出:ステップ21に進む。

  16. Magnetic 6-tube StandもしくはRing Super Magnet Plateから、チューブもしくは96ウェルプレートを移動させ、調整した100uLのDNase溶液を加える。
    *DNase溶液を用事調整する―80uLのヌクレアーゼフリー水と、10uLの10X DNase buffer(cat# 8170G,、Ambion社)、10uLのDNaseI(cat#2222、Ambion社)を混和する。
  17. ピペッティング5回以上でDNase溶液と磁性ビーズを良く混和後、37℃で15分間インキュベートする。
  18. 550uLのWash Bufferを加え、ピペッティング5回以上で良く混合する。その後、室温で10分間インキュベート。
    *DNase溶液を除かず、ステップ20後のチューブもしくは96ウェルプレートに直接Wash Bufferを加える。
  19. Magnetic 6-tube StandもしくはRing Super Magnet Plate上に、チューブもしくは96ウェルプレートを10分間静地。
    *溶液が透明になったことを確認した上で次のステップに進む。
  20. 磁性ビーズに触れないように溶液をピペッティングで吸い取る。
    *この操作はMagnetic 6-tube Standにチューブを静置いたまま、もしくはRing Super Magnet Plate上に96ウェルプレートを静地したまま行う。寄せられた磁性ビーズが溶液内で崩れてしまった場合は、数uLの上清を残す。
  21. Magnetic 6-tube StandもしくはRing Super Magnet Plateから、チューブもしくは96ウェルプレートを移動させ、750uLの70%エタノールを加える。ピペッティング5回以上で磁性ビーズを良く混和する。
  22. Magnetic 6-tube StandもしくはRing Super Magnet Plate上に、チューブもしくは96ウェルプレートを5分間静地。
    *溶液が透明になったことを確認した上で次のステップに進む。
  23. 磁性ビーズに触れないように溶液をピペッティングで吸い取る。
    *この操作はMagnetic 6-tube Standにチューブを静置いたまま、もしくはRing Super Magnet Plate上に96ウェルプレートを静地したまま行う。寄せられた磁性ビーズが溶液内で崩れてしまった場合は、数uLの上清を残す。
  24. Magnetic 6-tube StandもしくはRing Super Magnet Plateから、チューブもしくは96ウェルプレートを移動させ、500uLの90%イソプロパノールを加える。ピペッティング5回以上で磁性ビーズを良く混和後、70℃で3分間インキュベートする。
  25. Magnetic 6-tube StandもしくはRing Super Magnet Plate上に、チューブもしくは96ウェルプレートを1分間静地
    *溶液が透明になったことを確認した上で次のステップに進む。
  26. 磁性ビーズに触れないように溶液をピペッティングで吸い取る。 *この操作はMagnetic 6-tube Standにチューブを静置いたまま、もしくはRing Super Magnet Plate上に96ウェルプレートを静地したまま行う。
  27. 27〜30の90%イソプロパノールによる洗浄ステップをもう1度繰り返す。
  28. Magnetic 6-tube StandもしくはRing Super Magnet Plateから、チューブもしくは96ウェルプレートを移動させ、750uLの70%エタノールを加える。ピペッティング5回以上で磁性ビーズを良く混和する。
  29. Magnetic 6-tube StandもしくはRing Super Magnet Plate上に、チューブもしくは96ウェルプレートを1分間静地。
    *溶液が透明になったことを確認した上で次のステップに進む。
  30. 磁性ビーズに触れないように溶液をピペッティングで吸い取る。
    *この操作はMagnetic 6-tube Standにチューブを静置いたまま、もしくはRing Super Magnet Plate上に96ウェルプレートを静地したまま行う。寄せられた磁性ビーズが溶液内で崩れてしまった場合は、数uLの上清を残す。
  31. 10分間静地し、風乾。
    *エタノールの残留が見えないまで十分静地するが、過度に風乾しない。
  32. Magnetic 6-tube StandもしくはRing Super Magnet Plateから、チューブもしくは96ウェルプレートを移動させ、80uLのヌクレアーゼフリー水を加える。ピペッティング5回以上で磁性ビーズをリサスペンド後、65〜70℃で30秒間インキュベートする。
    *溶出液量はサンプル量や下流のアプリケーションに合わせて変動させることができるが、少なくとも40uLは必要。潜在的な磁性ビーズのキャリーオーバーのリスクを減らすためには、溶出液量を増やす。
  33. Magnetic 6-tube StandもしくはRing Super Magnet Plate上に、チューブもしくは96ウェルプレートを移し、1分間静地後、核酸溶出液を分取する。
    *溶液が透明になったことを確認した上で溶出液を分取する。


 

ページトップへ